virtualmin からのパッケージアップデートでこけるのでなんとかした

定期的にパッケージのアップデートをした今日、一つだけうまく行かない。

Installing package(s) with command yum -y install glibc-headers.x86_64 ..

Loaded plugins: fastestmirror, presto
Loading mirror speeds from cached hostfile
* Webmin: download.webmin.com
* base: ftp.riken.jp
* epel: ftp.riken.jp
* extras: ftp.riken.jp
* updates: ftp.riken.jp
Setting up Install Process
Resolving Dependencies
There are unfinished transactions remaining. You might consider running yum-complete-transaction first to finish them.
The program yum-complete-transaction is found in the yum-utils package.
--> Running transaction check
---> Package glibc-headers.x86_64 0:2.12-1.132.el6_5.3 will be updated
--> Processing Dependency: glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.3 for package: glibc-devel-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64
---> Package glibc-headers.x86_64 0:2.12-1.132.el6_5.4 will be an update
--> Finished Dependency Resolution
Error: Package: glibc-devel-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64 (@updates)
Requires: glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.3
Removing: glibc-headers-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64 (@updates)
glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.3
Updated By: glibc-headers-2.12-1.132.el6_5.4.x86_64 (updates)
glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.4
Available: glibc-headers-2.12-1.132.el6.x86_64 (base)
glibc-headers = 2.12-1.132.el6
Available: glibc-headers-2.12-1.132.el6_5.1.x86_64 (updates)
glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.1
Available: glibc-headers-2.12-1.132.el6_5.2.x86_64 (updates)
glibc-headers = 2.12-1.132.el6_5.2
You could try using --skip-broken to work around the problem
** Found 4 pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:
glibc-2.12-1.132.el6_5.4.x86_64 is a duplicate with glibc-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64
glibc-common-2.12-1.132.el6_5.4.x86_64 is a duplicate with glibc-common-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64
glibc-devel-2.12-1.132.el6_5.4.x86_64 is a duplicate with glibc-devel-2.12-1.132.el6_5.3.x86_64
glibc-devel-2.12-1.132.el6_5.4.x86_64 has missing requires of glibc-headers = ('0', '2.12', '1.132.el6_5.4')

.. install failed!

パッケージの依存関係がちょっとズレちゃってる様子。
なのでrootから以下のコマンドを叩いて終了。
ちなみにyumがらみの原因不明の問題は再起動かこれらのコマンドでだいたい解決しちゃったり。
yum distro-sync
yum clean all
yum update


[2014/09/05 追記]
再び同じ状況に遭遇。っていうか、多分このやり方じゃ良くないんだろう。
こちらのエントリに書かれてる手順通りで直す事に成功。いや、エラーをよく読めばわかったはずなんですよ(言い訳

  1. yum-complete-transaction
  2. yum check duplicates | awk '/is a duplicate/ {print $6}' > /tmp/DUPES
  3. /tmp/DUPESの中身を確認
  4. yum remove `cat /tmp/DUPES`
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